Die erste Besiedlung der Gegend von Wünnewil geht auf die Römerzeit zurück. Im 11. Jahrhundert gehörte das Gemeindegebiet dann zum Einflussbereich der Zähringer, wovon Reste ehemaliger Befestigungen beim Altschloss in Wünnewil und in Dietisberg zeugen.
Auch die Gründung der Pfarrei Wünnewil geht auf die Zeit der Zähringer zurück. Erstmals erwähnt wurde die Kirche 1128. Sie war der heiligen Margaretha geweiht. Die Pfarrei umfasste damals das Dorf Wünnewil und die Weiler Dietisberg und Elswil.